ตั้งแต่ฐานชั้นที่ 3 ขึ้นไปถึงชั้นที่ 6 คนที่ไม่รู้เรื่องราวทางพุทธศาสนามหายานจะงงเป็นไก่ตาแตก
เมื่อเราก้าวเท้าขึ้นไปชั้นที่ 3 แนวกำแพงสลักก่อทึบเป็นสัญญาณบอกว่า เรากำลังเข้าสู่ภพรูปธาตุแล้ว ตั้งแต่ฐานชั้นที่ 3 ขึ้นไปถึงชั้นที่ 6 คนที่ไม่รู้เรื่องราวทางพุทธศาสนามหายานจะงงเป็นไก่ตาแตก เพราะทั้งสี่ชั้นนี้กำลังบอกเล่าเรื่องราวของพุทธประวัติ ชาดก เรื่องราวในคัมภีร์คัณฑวยูหสูตร และในคัมภีร์อื่นๆอีกผ่านภาพหินสลัก ส่วนพระพุทธรูปที่ประดิษฐานในซุ้มแต่ละด้านกำลังสื่อถึงคติ พระธยานิพุทธะ พระพุทธเจ้าในฝ่ายมหายาน
ทั้งทางพุทธเถรวาทและพุทธมหายานต่างมีความเห็นตรงกันในเรื่องจำนวนพระพุทธเจ้า คือมีจำนวนมหาศาลประมาณไม่ได้ ต่างกันในเรื่องการแบ่งประเภท ฝ่ายเถรวาทเองมองว่า พระพุทธเจ้ามี 2 ประเภท คือพระสัมมาสัมพุทธเจ้า เป็นพระพุทธเจ้าที่ตรัสรู้ได้ด้วยพระองค์แล้ว แล้วทรงประกาศศาสนา ในคัมภีร์พุทธวงศ์รวบรวมพระนามพระสัมมาสัมพุทธเจ้าไว้ทั้งหมด 28 พระองค์ ซึ่งพระโคตมพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันอยู่ในลำดับท้ายสุด ส่วนอีกประเภทคือปัจเจกพระพุทธเจ้า ตรัสรู้ได้ด้วยพระองค์เอง แต่ไม่ประกาศศาสนา มีจำนวนมหาศาล
สำหรับในทางมหายานแบ่งประเภทพระพุทธเจ้าไว้ 3 ประเภท คือ พระอาทิพุทธเจ้า อยู่ในลำดับสูงสุด ทรงเป็นพระพุทธเจ้าองค์แรก พระธยานิพุทธเจ้า คือพระพุทธเจ้าที่อวตารมาจากพระอาทิพุทธเจ้าตรัสรู้ด้วยอำนาจฌาน ไม่ได้ลงมาบำเพ็ญเพียรในโลกมนุษย์ มีทั้งหมด 5 องค์ และประเภทสุดท้ายคือพระมานุสสพุทธเจ้า คือพระพุทธเจ้าที่เป็นลงมาบำเพ็ญเพียรในโลกมนุษย์ ซึ่งพระพุทธเจ้าในฝ่ายเถรวาทก็ถูกจัดให้อยู่ในประเภทนี้
พระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันซึ่งในทางมหายานขานนามพระองค์ว่า “พระศรีศากยมุนีพุทธเจ้า”
เรื่องราวที่คนไทยดูแล้วเข้าใจง่ายสุดคือภาพสลักหินในชั้นที่ 3 ซึ่งถ่ายถอดเรื่องราวของพุทธประวัติของพระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันไปสิ้นสุดที่การตรัสรู้ ซึ่งในทางมหายานขานนามพระองค์ว่า “พระศรีศากยมุนีพุทธเจ้า” และนับเป็นพระมานุสสพุทธะ คือพระพุทธเจ้าที่มีร่างกายเป็นมนุษย์ มีสภาวะ เกิดขึ้น คงอยู่ และสูญไป เหมือนมนุษย์ทั่วไป
ส่วนพระพุทธเจ้าอีกประเภทเรียกว่า พระธยานิพุทธะ ไม่ได้ลงมาตรัสรู้บนโลกมนุษย์ มีทั้งหมด 5 องค์ ผู้สร้างบุโรพุทโธได้ออกแบบเป็นพระพุทธรูปหินประดิษฐานไว้ในซุ้มทั้งสี่ทิศ ใครอยากรู้จักแต่ละองค์ให้เดินไปตามทิศดังนี้ ทิศตะวันออกประดิษฐานพระอักโษภยะธยานิพุทธเจ้าปางมารวิชัย ทิศใต้ประดิษฐานพระรัตนสัมภวะธยานิพุทธเจ้าปางประทานพร ทิศตะวันตกประดิษฐานพระอมิตาภะธยานิพุทธเจ้าปางสมาธิ ทิศเหนือประดิษฐานพระอโมฆสิทธิธยานิพุทธเจ้าปางประทานอภัย
หากใครฟิตเดินวนจนครบทั้งสี่ชั้นแล้ว ยินดีต้อนรับสู่ภพอรูปธาตุในชั้นที่ 7-9 ความปลอดโปร่งโล่งสบายโดยไม่มีแนวกำแพงมาขวางลม มีเพียงเจดีย์ทรงระฆังคว่ำวางเรียงรายซ้อนลดหลั่นกันอยู่เบื้องหน้า
พระไวโรจนะธยานิพุทธเจ้าภายในเจดีย์นี้เปรียบเสมือนไฮไลท์ของผู้มาเยือน
หากย้อนกลับไปนับพระธยานิพุทธะก่อนหน้านี้ที่บอกมี 5 องค์ อาจสงสัยหรืออ่านผ่านเลยเพราะไม่สงสัย พระธยานิพุทธะองค์สุดท้ายนั้น ท่านอยู่ในชั้นนี้ มีนามว่า พระไวโรจนะธยานิพุทธเจ้า ท่านนั่งขัดสมาธิแสดงธรรมอยู่ภายในเจดีย์เจาะช่องเป็นทรงข้าวหลามตัดทั้ง 72 องค์ ซึ่งในทางมหายานแล้วพระไวโรจนะธยานิพุทธเจ้า ทรงเป็นประธานพระธยานิพุทธะอีก 4 องค์ พระไวโรจนะธยานิพุทธเจ้าภายในเจดีย์นี้เปรียบดังไฮไลท์ของผู้มาเยือน กลายเป็นกิมมิกของคนยุคใหม่หากใครยื่นมือไปสัมผัสท่านถึงก็จะประสบแต่ความโชคดี
ส่วนเจดีย์ทรงทึบที่ตั้งเป็นศูนย์กลางยอดสุดของบุโรพุทโธนั้นสื่อความหมายถึง “พระอาทิพุทธเจ้า” ซึ่งเป็นพระพุทธเจ้าองค์แรกในคติพระพุทธศาสนานิกายมหายาน การออกแบบให้เจดีย์เป็นทรงทึบนั้นถูกตีความถึงสภาวะของพระองค์คือ การเป็นอรูปธาตุที่ไม่ปรากฏพระวรกายให้เห็นนั่นเอง
ความสลับซับซ้อนของคติความเชื่อพุทธมหายานที่จำลองผ่านมหาสถูปบุโรพุทโธ #Borobudur ได้สร้างความพิศวงงงงวยให้กับผู้มาเยือนได้เสมอ จนหลายคนเลือกที่จะจดจำภาพความยิ่งใหญ่ในฐานะสิ่งก่อสร้างโบราณ ซึ่งเป็นประจักษ์พยานความรุ่งเรืองของพุทธศาสนาแบบมหายานในดินแดนที่ปัจจุบันแทบไม่มีคนนับถือศาสนานี้อีกแล้ว